Ölümü, şu anki Uruguay cumhurbaşkanı Yamandu Orsi tarafından duyuruldu. Orsi, sosyal medya platformu X'te yaptığı bir paylaşımda Mujica'yı "cumhurbaşkanı, aktivist, rehber ve lider" olarak adlandırdı. Mujica, hastalığın teşhis edildiği 2024 baharından beri yemek borusu kanseri tedavisi görüyordu.

Mujica, tedavi onu güçsüz ve neredeyse yemek yiyemez hale getirse bile, 2024 sonbaharında siyasi sahneye yeniden çıktı ve tercih ettiği aday ve himayesi altındaki Orsi'yi başkanlığa taşıyan ulusal seçimlerde sol görüşlü koalisyonu için kampanya yürüttü.

2024 Eylül ayında doktoru, radyasyonun Mujica'nın tümörünün çoğunu ortadan kaldırmada başarılı olduğunu bildirdi. Ancak 2025 Ocak ayında doktoru, yemek borusundaki kanserin geri döndüğünü ve karaciğerine yayıldığını duyurdu. Otoimmün hastalığı ve diğer altta yatan tıbbi sorunları Mujica'nın daha fazla tedavi görmemeye karar vermesine yol açtı.

2010-2015 başkanlığı sırasında, yaygın olarak "Pepe" olarak bilinen Mujica, küçük Güney Amerika ülkesinin dünyanın en sosyal liberal demokrasilerinden birine dönüşmesini denetledi. Esrarı ve eşcinsel evliliği yasallaştırarak, bölgenin ilk kapsamlı kürtaj hakları yasasını çıkararak ve Uruguay'ı alternatif enerjide bir lider olarak konumlandırarak yurtiçinde hayranlık kazandı ve yurtdışında kült statüsü kazandı.

Başkanlık sarayını terk edip küçük bir çiftlik evinde yaşayarak ve maaşının çoğunu hayır kurumlarına bağışlayarak küresel bir hayranlık uyandırdı.

1960'larda, zenginlerden çalıp fakirlere vererek başlayan ancak daha sonra kampanyasını adam kaçırma, bombalama ve suikastlara kadar genişleten Marksist-Leninist kent gerilla hareketi Tupamaros'u kurdu.

Mujica o yıllarda bir cüretkarlık hayatı yaşadı. Birden fazla kurşun yarası aldı ve toplu bir hapishane firarına katıldı.

Ancak Tupamaroslar 1972'de çöktüğünde yeniden yakalandı ve Uruguay'ın 1973-1985 diktatörlüğünün tamamını hapishanede geçirdi, burada işkence gördü ve yıllarca hücre hapsinde kaldı.

Serbest bırakıldıktan sonra kendini siyasete attı ve 1989'da solcu Geniş Cephe koalisyonunun en büyük üyesi olan Halk Katılım Hareketi'ni (MPP) kurdu.

1995'te Kongre'ye seçildi, 2000'de senatör oldu ve ardından Uruguay'ın ilk sol görüşlü hükümetinde tarım bakanı oldu.

Uruguay'ın görev süresi sınırlamalarına uygun olarak sadece beş yıllık bir dönem başkanlık yaptı.
Mujica'nın çocuğu yoktu ve geride bir başka eski militan olan eşi Lucía Topolansky kaldı.

Mujica son röportajında ​​röportaj sorularını felsefi aforizmalarla tekrar tekrar yanıtladı.

"Hayat güzel bir macera ve mucizedir. Zenginliğe çok fazla odaklandık, mutluluğa değil. Sadece bir şeyler yapmaya odaklandık ve farkına varmadan,  hayat sizi geçip gitti."